Años 90: Gran crisis y nuevos comienzos

En mayo de 1991, el fundador se vio obligado a dimitir tras el descubrimiento de fenómenos de abusos y control sexual en el marco del apoyo espiritual y laboral. Esta salida desencadena una gran crisis dentro de la comunidad.
En agosto de 1991, con el apoyo y la confirmación del Obispo de Versalles, del Presidente de la Conferencia Episcopal de Chile y del Obispo Auxiliar de Malinas-Bruselas, una asamblea de 1.200 personas provenientes de una decena de países donde las Fundaciones del Nuevo Mundo estaban presentes en ese momento decidió continuar el camino como comunidad cristiana dentro de la Iglesia Católica. Se crea entonces un Consejo Internacional para garantizar el liderazgo de la comunidad.
En este proceso se inició, en conjunto con los líderes de la Iglesia, una importante revisión de su espiritualidad y gobernanza para corregir las desviaciones vinculadas a los abusos de poder. También se han iniciado trabajos de institucionalización que han conducido en particular al establecimiento de los estatutos canónicos, del derecho diocesano en 1995 y del derecho pontificio en 2008.
Posteriormente, la misión pudo redesplegarse, a través de la evangelización, la formación y el desarrollo de proyectos solidarios en los diversos países donde estuvo establecida. Tras la experiencia del Instituto de Formación IFF Europa en Francia, también se crearon institutos en Asia, África y luego América Latina.